世界的企業『アンブレラ』の崩壊から2年後の2005年。
NGO団体『BSAA』のもとにエージェントのクリス・レッドフィールドとジェシカ・シェラワットの失踪の一報が届いた。
クリス捜索の為に彼のかつての相棒であり、戦友のジル・バレンタインは新たな相棒、パーカー・ルチアーニと共に、地中海に浮かぶ豪華客船『クイーン・ゼノビア』に乗り込み、調査を開始する。
そこでジル達は見た事のない異形の怪物と遭遇してしまう。
しかし、この事がきっかけで闇に葬られていた真実が次々と明らかとなっていく事を彼女達はこの時、まだ知る由もなかった。