伝説のポケモンの秘密に迫る、新たなストーリー

「ポケモンずかん」の完成を目指して旅をする主人公の前に、
姿を現すプラズマ団と謎の人物「Ｎ」。
ポケモンの解放を思想とする彼らの目的とはいったい何か？
その答えを求めていくなかで、物語はやがて伝説の
ポケモンの秘密へ…