Wiiリモコンを横持ちで操作するが、本作はそれに加えて『シェイク（“shake”振る、揺れるの意味）』というゲームタイトルどおり、Wiiリモコンを振る動作を併用する事である。
それにあわせて、ゲーム中の固有名詞は何かしら「振る」に関連した言葉が入っているものが多い（「ユーレトピア（揺れる）」、「メルフル（振る）」、「シェイキング（shaking）」など）。
今までのシリーズ作品とは違い、「ワリオは不死身」という要素はあまり登場せず、敵の攻撃を受けて変身が起こるというのも限られたステージだけの要素となり、敵の攻撃を受けるとダメージを受けて、体力がゼロになるとミスになってしまう（ただし、ゲームオーバーはない）。
グラフィックは今までのワリオランドシリーズと同様に2Dで描かれているが、特徴的なのはゲームグラフィック自体にアニメーションを取り込んでいることである。
そのため通常のゲーム画面そのものがムービーともいえるものとなっており、開発スタッフによると、ワリオのグラフィックだけで約2000枚のアニメを使用していて、一世代前のハードであるゲームキューブであったら背景グラフィックだけで容量が限界に達してしまうほどだという。
キャラクターグラフィック･ムービーともにアニメーションはProductionI.Gが、背景グラフィックは有限会社草薙が制作している。
海外ではYouTube上で宣伝を行い、ワリオのシェイクによってYouTubeが壊れるという演出がされている。

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