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ストーリー

全米No.1の巨大複合企業であり、アメリカでの家庭用医薬品シェア90%を誇るアンブレラ社。
その裏の姿は、細菌兵器の開発などを行う“死の商人”であった。
ある日、アメリカのラクーンシティに存在するアンブレラ社の秘密地下研究所「ハイブ」で、
研究中のT-ウイルスが何者かの手によって漏れ出すバイオハザードが発生。
空調設備を通じて所員全員がT-ウイルスに感染したため、
ウイルスの漏えいを防ぐべくハイブの制御コンピュータ「レッド・クイーン」はハイブの各通路を封鎖し、
消火剤を研究所内にまき、500人を超える所員全員を死亡させて汚染を研究所内部に封じ込めた。
この事故を知ったアンブレラ社は、レッド・クイーンが故障したと勘違いし、
レッド・クイーンをシャットダウンするため、特殊部隊を現地へ派遣する。
その頃、広い洋館の一室で記憶喪失の女性アリスが目覚める。
何も思い出せぬまま彷徨うアリスは、突然謎の男性に抱きかかえられ、
次いで突入してきた特殊部隊によって彼共々捕らえられる。
部隊長らしき男性から報告を要求されるも、アリスにはその言葉の意味がわからない。
部隊長らしき男性が言うには、記憶喪失の原因は屋敷の防衛システムが放出した神経ガスの副作用によるものとのこと。
また、アリスと共に捕らえられた男は「警官だ」と名乗るが、
警察手帳に記載されていた「マット・アディソン」という名前は、警察のデータベースには存在していなかった。
隊員たちがアリスとマットを連れて屋敷の地下へ移動すると、そこにはハイブへ繋がる地下鉄道が敷設されていた。
一同は列車に乗り、バイオハザードの現場へ潜入する。