「ポケットモンスターブラック・ホワイト」から2年。
平和を取り戻したはずのイッシュ地方を描いた地図は凍りつき、再び不穏な空気が流れはじめていました。
新しい街、新しい施設、そして新しいポケモンが待つこの2年後のイッシュ地方で、未知の冒険がはじまります。