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ストーリー

ずっと昔から、宿敵のライバルである犬と猫は
人間の知らない所で密かに過激な戦いを繰り広げてきた。
ネコのスパイ組織「ニ・ヤ・オ」でエリートエージェントとして
活躍していたキティ・ガロアは、
仲間のポウズや運び屋のハトとキャリコらを利用して、
産業スパイで手に入れた高度な情報技術を転用した秘密兵器を完成させ、
宿敵の犬たちを降伏させるだけでなく、
かつてのネコ仲間までも配下に置き世界征服を企むべく執念を燃やしていた。
イヌ系のスパイ組織「ドッグ秘密基地」ではキティが
猫族に向けて発信した声明動画をキャッチ。
前作のルーキーから組織の首領に大躍進したルーは、
ブッチに突進ばかりして警察犬失格の烙印を押されて
檻に入れられたばかりのディッグスをスカウトさせてコンビを組むことを任命させる。
そしてキティと接触があるとするハトのシェイマスを探し出すべく
深夜のコイトタワーへ向かうが、
同じ相手を狙う秘密兵器の首輪を付けたニ・ヤ・オの
スーパー・エージェントのキャサリンと出くわす。
身から出た錆であるキティの反乱を阻止する為に行動していたのだ。
シェイマスはキティについて知らないとはぐらかすが、
キティの凶行まで13時間を切った時、
イヌとニヤオの管轄の線引きで揉めるディッグスとブッチの間に入ったタブの発案で、
犬とネコは史上初のタッグを組むことになった。
犬側の非公式エージェントに任命されたシェイマスの
咄嗟の一言でキティへの足がかりをつかむことになり、掃討戦に取りかかる。