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前作タイタンの戦いの後、

亡き妻イオの忘れ形見へレイオスと穏やかな漁師の生活を営むペルセウスの元にゼウスが現れ、
冥府の迷宮タルタロスが開き怪物たちが、現世へあふれ出し世界に危機が迫っていると告げる。
崇拝を失い力の衰えつつあるゼウスは人間としての強さをみこんで助力を請うが
ペルセウスは息子との暮らしを守るため追い返してしまう。
ゼウスは、タルタロスの修復のため、兄である、冥界の王であるハデスの元を訪れるが、
裏切りにあい冥府の虜囚となってしまう。
完全に開いた冥府より現れた怪物キメラに、息子と住む町を襲われたペルセウスは、
神の血を引く者として、そして一人の父として、再び世界の存亡をかけた戦いに挑む事を決意する。