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家族を殺され、復讐のためにアサシンとして戦うことを選んだエツィオは、マスターアサシンと呼ばれるまでに成長していた。
その頃ローマは、教皇となったロドリゴ・ボルジアと腐敗した支配層によって堕落の一途をたどっていた。
ボルジア家の支配がイタリア全土まで及ぶことに危機を感じたエツィオは、ローマに潜入し、そこでアサシン教団を組織して戦うことを決意する。
しかし、エツィオたちの前には、ロドリゴの息子であるチェーザレが立ちふさがる。
エツィオの戦いは未だ終わらず。テンプル騎士団の影はここにも・・・。