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連続殺人鬼・ジグソウの遺体を解剖していた検視官が、
ジグソウの胃の中から一本のカセットテープを発見する。
慌てた検視官は、すぐさま事件を担当しているホフマン刑事に連絡。
再生されたテープには、「自分の死で、すべてが終わったと思わないことだ」というメッセージが録音されていた。
一方、Drゴードンの事件でジグソウと関わってしまい、
その後仲間を次々と失ったSWATの隊長・リッグは、自宅にいるところを何者かに昏倒させられ、
気がつくとジグソウの新たなる被験者として異常なゲームに巻き込まれていた。
今回、ジグソウに裁かれるのは売春斡旋業者や強姦魔などの悪党。
しかも、どこかで必ずリッグ刑事と関わっていたのだ。
リッグによるゲームが進行する中、FBIのストラム捜査官は、
事件解決の糸口としてジグソウの元妻・ジルの尋問を開始する。
そして、その証言から、ジグソウの意外な過去が明らかになってきた。
いったい誰がゲームを支配しているのだろうか。