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殺された家族の復讐を果たし、宿敵チェーザレ・ボルジアを打倒してローマの安定を取り戻した、エツィオ・アウディトーレ。
すべての戦いを終えたエツィオは自問自答する。
「今の自分には何が残され、これから何をすべきなのか・・・・」

数年後、エツィオは父・ジョバンニがかつて追い求めていた、ある書物庫の存在を知る。
それは、エツィオの祖先・アルタイルによって作られたもので、アサシンの英知が収められているという。
アルタイルの書物庫を求めて、アサシン教団の聖地・マシャフにたどり着いたエツィオだが、書物庫の入口には鍵が掛けられていた。
書物庫の鍵を探すため、エツィオはヨーロッパ東に位置する大都市・コンスタンティノープルへと向かうのだった。