平和なキノコ王国を襲った"メタコロ病"の謎を探るために立ち上がったマリオとルイージ。
しかし、彼らは突然現れたクッパに吸い込まれてしまい、クッパの身体の中をさまようことになる。
ゲームは、クッパの体内にいるマリオたちとクッパの視点を切り替えながら進めていく。
フィールド上にはたくさんの仕掛けが用意されているので、力仕事はクッパに任せ、マリオたちは2人で力を合わせる"ブラザーアクション"で難関に挑む。
バトル時は、タイミングよく操作することで敵に大ダメージを与えたり、敵の攻撃に反撃したりできる"アクションコマンド"や、
さらに強力な攻撃が可能になる"スペシャルアタック"などを駆使して敵を倒していく。