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一年戦争が終結して3年

地球連邦軍再建計画に基づきガンダム開発計画が提唱され、
その試作機であるガンダム試作1号機、
ガンダム試作2号機が性能テストのためにオーストラリアのトリントン基地に搬入される。
しかし、エギーユ・デラーズ率いるジオン軍の残党
「デラーズ・フリート」がこの情報をつかんでおり、
極秘作戦「星の屑作戦」を実行に移すべく、
核兵器を搭載したガンダム試作2号機を強奪せんと基地を襲撃する。
かつて「ソロモンの悪夢」と呼ばれたジオン軍エースパイロット、アナベル・ガトーは、
基地の混乱に乗じて速やかにガンダム試作2号機を強奪。
だが、脱出を図る2号機の前に、
連邦軍新米テストパイロット、コウ・ウラキが乗り込んだガンダム試作1号機が立ちはだかる。
しかし、歴戦の戦士であるガトーにコウはあっさりとあしらわれ
「まだ未熟」と屈辱的な言葉を投げかけられる。
かくして2号機は朝靄の彼方に消え去り、コウを含むテストパイロット達は、
ガンダムを搬入したペガサス級強襲揚陸艦「アルビオン」の乗組員に任命され、
試作1号機のデータ収集、および2号機の追撃・奪還任務に就く。
補充隊員としてやってきた「不死身の第4小隊」のベルナルド・モンシアとの衝突、
砂漠でジオン残党を率いるノイエン・ビッターとの戦い、
月面で再起を期してヴァル・ヴァロを整備していたケリィ・レズナーとの出会いと決闘、
そして上官のサウス・バニングの死など、様々な事件やライバルとの戦いを経て、
コウは戦士として少しずつ成長していき、
ガンダム開発計画のエンジニア、ニナ・パープルトンとも心を通わせる。
やがて、試作2号機の攻撃目標が、コンペイ島（旧ソロモン）宙域にて開催される、
地球連邦軍艦隊による観艦式の式場であることが判明する。
コウは試作1号機フルバーニアンで追撃するが時すでに遅く、
彼の目の前で艦隊の大半が核攻撃で消滅した。
怒りに燃えるコウとガトーの一騎打ちの末、1号機と2号機は相打ちとなり爆発。
アルビオンはその任務を果たせぬまま紛争は集結し、事態は終息するかに思えた。
だが、ガトーらの真の狙いは、
移送中のスペースコロニーの1基を奪って地球に落下させるコロニー落としにあった。
アルビオン隊は、アナハイム・エレクトロニクス社がドック艦ラビアンローズでテストを行っていた
ガンダム試作3号機を強引に受領し、連邦軍上層部の命令に逆らって作戦阻止に動く。
その影ではシーマ・ガラハウが暗躍し、デラーズの身柄を手土産に連邦への寝返りを画策していた。
さらにコウは、かつてニナがガトーの恋人であったという事実を知ってしまう。
連邦軍の腐敗、ニナの過去、めまぐるしく変化する状況に翻弄させられたコウは、
やり場のない怒りとともに、真っ直ぐにジオンの理想に殉じようとするガトーとの最終決戦に挑む。