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メガ・シャークとジャイアント・オクトパスの戦いから数年

コンゴのダイヤモンド鉱山から、超巨大ワニ「クロコザウルス」が突如出現。
鉱山で働く人々を襲撃する。
一方、大西洋上では、米軍艦のソナーに巨大な影が捉えられる。
サメの専門家のマコーミックは、メガ・シャークが生きているのではと考え、
サメをおびき寄せる音波球で実験する。
はたして、ジャイアント・オクトパスと相打ちになったと思われていたメガ・シャークは生きていた。
米軍艦を襲撃し、応戦むなしく米軍艦は撃沈。マコーミックだけが脱出に成功する。
コンゴでは、鉱山会社から依頼を受けたハンターのナイジェルが、クロコザウルスを発見していた。
ナイジェルはクロコザウルスの生け捕りに成功し、船で輸送しようとするが、そこにメガ・シャークが襲来。
船は沈没し、クロコザウルスは逃走する。
米軍はナイジェルとマコーミックに協力を依頼し、クロコザウルスの産卵場所を発見。
そこに卵を餌として狙うメガ・シャークも出現。
卵を守るためにクロコザウルスも姿を現す。
米軍の空爆で卵は全滅するものの、二匹の怪物は姿を消す。
クロコザウルスはマイアミに上陸し、破壊の限りを尽くす。
軍が迎撃するが歯が立たない。
原子力発電所をアークフラッシュさせてなんとかクロコザウルスを海に追い払う。
一方メガ・シャークは原潜と戦い、魚雷をものともせずに原潜を沈めてしまう。
メガ・シャークとクロコザウルスを倒すため、両者を戦わせる作戦が立てられる。
マコーミックの音波球とクロコザウルスの卵で両者をパナマ運河に誘導し、そこを攻撃する。
メガ・シャークとクロコザウルスは目論み通り戦い始めるが、
決着はつかず、パナマ運河は破壊され、両者は再び外海へ。
さらに各地で産卵されていたクロコザウルスの卵が孵化し始め、大量の子ワニが人々を襲い始める。
最後の手段として核攻撃を仕掛けようとするが、メガ・シャークが核魚雷ごと原潜を飲み込んでしまう。
メガ・シャークとクロコザウルスはハワイで再び激突。
子ワニもハワイに集まってくる。マコーミックの音波球で海底火山を噴火させ、両者を倒すことに。
作戦は成功し、メガ・シャークとクロコザウルスは、戦いながら海底火山へと沈んでいくのだった。