前作でアーカム・アサイラムの所長であったクインシー・シャープがゴッサムシティの市長となり、
ゴッサムのスラム街をアーカム・シティという巨大な刑務所とした。
逃げ出しさえしなければ自由という状況の中、多くの犯罪者たちがそれぞれの目的を抱え跋扈する。