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あらすじ

スペースコロニーへの宇宙移民が始まって半世紀あまりが過ぎた宇宙世紀0079年。
地球から最も遠いコロニー群サイド3はジオン公国を名乗り、
地球連邦からの独立を求め、独立戦争を挑んできた。
連邦軍の圧倒的な物量と戦力に対して、
ジオン軍は人型機動兵器「モビルスーツ」(MS)を実戦投入し、
「コロニー落とし」と呼ばれる戦略で一気に連邦軍を劣勢に追い込む。
戦争は8ヶ月以上続き、膠着状態に陥った。
やがて連邦軍もMSの研究開発に着手し、「V作戦」と称してサイド7に試作型MSと運用母艦とが搬入された。
その開発主任技師テム・レイの息子であるアムロ・レイ少年は、
「V作戦」の秘密を嗅ぎつけてコロニーに侵入したジオン軍MSザクの攻撃に巻き込まれ、
そのどさくさに連邦軍の「V作戦」関係資料を偶然拾ってしまう。
コロニー内の被害は甚大で、一般市民も軍関係者も大半が死亡した。
人手不足の中、アムロは連邦軍の開発した試作型MSガンダムのパイロットにされてしまう。
ガンダムの母艦であるホワイトベースも正規乗組員のほとんどを失い、
艦に避難したアムロはじめ少年少女達は、
わずかに生き残った乗組員達と協力しながらサイド7を脱出する。
しかし宇宙には、連邦軍の「V作戦」の全容を解明しようとするジオン軍のエースパイロット、
シャア・アズナブル(別名「赤い彗星」)が待ち構えていた。
アムロたちはシャアの追撃を振り切り、連邦軍の小惑星基地「ルナツー」に辿り着く。
しかし、そこで聞かされたのは「ホワイトベースおよびガンダムを南米ジャブローの総司令部まで無傷で運び、
爾後の指示を待つ」という、軍からの厳しい命令だった。
実戦経験のほとんど無い少年少女たちを乗せて、ホワイトベースは地球の南米大陸へ向かう。
ところが、またしてもシャアの追撃を受けて大気圏突入コースを大きく狂わされたホワイトベースは、北米大陸へ着地。
そこは、ガルマ・ザビ率いる「ジオン地球攻略軍」の勢力圏だった。
宇宙から追って来たシャア、地上で待ち構えるガルマ、ホワイトベースの面々は二つの敵に挟まれる。
本作は宇宙や地球の激戦地帯を転戦しながら、様々な人々との出会いや戦い、
そして別れを経て悩み傷つきながらも成長していく、アムロたち少年少女の姿を描いた物語である。