物語の主人公は「八城高校」に転校したばかりの２年生の「山本勇人」。
学校のベンチに座っていた可憐な少女「四宮しずく」に一目惚れする。
偶然にも日記帳の忘れ物を拾った勇人は、
近づいてきたホワイトデーの日にプレゼントと一緒に彼女の日記帳を戻そうと考え、
前日の3月13日の深夜、一人で学校に潜入するのだった。

真夜中の学校には恐ろしい幽霊が現れたり、
学生の安全を守るはずの守衛たちが逃げ惑う学生を襲撃する、
そんな恐怖と絶望の空間に変貌を遂げてしまった。

何者の力により校門の鍵は固く閉ざされ、
勇人は逃げ場のない深夜の学校に閉じ込められてしまう。

脱出を試みる勇人は同じく学校に閉じ込められた学生
「藤ノ井さやか」と「富永ひかり」や、
一目ぼれした少女「しずく」と行動を共にする事となる。

深夜の学校に迷い込んだヒロイン達と一緒に脱出する方法を探しながら、
勇人は「八城高校」に隠された恐ろしい秘密にどんどん近づくのだった……。