前作『FFXIII』の物語が終わってから三年後のある日、
本作の主人公セラ・ファロンが住むグラン・パルスの開拓村ネオ・ボーダムが突然謎の魔物の襲撃を受ける。
そして魔物がセラに襲いかかろうとしたその時、もう一人の主人公ノエル・クライスが現れ彼女の危機を救う。
魔物を退け、ノエルが何故ここに現れたのかセラが尋ねるとノエルは自分が遥か未来、コクーンが地上に落ち、世界が滅びゆく中で生まれた最後の人間であるという事、この世界とは違う世界、ヴァルハラでセラを除く誰もが死んだと思っているセラの姉ライトニングと会った事、様々な時代にパラドクスと呼ばれる異変が起こっている事を伝える。
この話を聞いたセラは自分の中にある皆と違う記憶が正しい記憶であるとの確信を持つ。
ライトニングは前作の物語が終了した直後に失踪し、セラを除く誰もがその時の会話すら覚えていなかった。
セラは姉との再会を望み、ノエルと共に時空を超える旅に出る事を決める。