『ときめきメモリアル』の続編。

主人公は、幼い時にひびきの市に住んでいた男の子。

小学2年生まで光や華澄たちとひびきの市で一緒に楽しい日々を過ごしていたが
主人公の両親の都合でひびきの市を離れ、引越してしまう事になってしまった。

それから7年が経ち、主人公は高校に入学する年に
再びひびきの市に戻ってくることになり、ひびきの高校に入学する事になった。

入学式の当日、主人公はショートヘアの髪型が似合う
元気で快活な少女に成長した光に偶然再会する。

その後、クラスメイトになった坂城匠から
「卒業式の日、告白の時に校庭にそびえ立つ時計塔の頂上についている
伝説の鐘の音に祝福されたカップルは永遠に幸せになる」というひびきの高校の伝説を聞く。

主人公は、光やその他ヒロインからの告白を目指して
勉強やスポーツ、容姿などを日々鍛錬し己を磨いていく。