マリオとピーチ姫はピクニックに出かけていた。
すると、突如キノコ城に黒い雲が出現し、雷が落ち共にクリボーも現れてしまった！
びっくりしたマリオは、急いでキノコ城に戻った。
しかし、その隙にクッパ Jr.がピーチ姫をさらってしまった。
巨大キノコの力を借りて、マリオの新たな冒険が始まった。