Seseorang muncul di kota mengincar alchemist yang memiliki gelar kenegaraan. Lengan kanan Ed hancur, sementara Al mengalami kerusakan di separuh tubuhnya!! Untuk memperbaikinya, mereka harus pergi ke tempat mekanik di Leisenburgh. Bersama Mayor Armstrong, di tengah perjalanan mereka bertemu dengan Dokter Marco, seorang alchemist negara yang menciptakan Philosopher`s Stone.