情報ネットワークとサイボーグ技術が発達した未来世界。草薙素子は全身サイボーグであり、最高度のフィジカルと電脳戦スキルを併せ持っていた。自身の部隊設立を考えている草薙は、所属していた陸軍『501機関』からの独立を後押しした公安9課の荒巻（声 塾一久）からの勧誘を断る。そんな中、歩兵兵站用輸送支援車両のロジスティクス・コンベイヤー・マシン、略称ロジコマがハッキングされる。荒巻からの要請を受け、草薙は調査のためにロジコマを移送するが、『眠らない眼』を持つ元レンジャーのバトー（声 松田健一郎）やボーマ（声 中井和哉）、元陸軍情報部のイシカワ（声 檀臣幸）ら武装集団に襲撃される。米軍情報部エージェントのヴィヴィー（声 藤貴子）によると、彼らは難民虐殺の罪に問われている混成78部隊の元上官ソガ・カズヤ大佐（声 沢木郁也）の無実を証明しようと特殊軍事モジュールで電子的作戦を進めていたものの、並列解除コードの複製がロジコマに隠されたために、ロジコマの破壊を狙っていた。草薙は、ヴィヴィーのほか陸軍警察のパズ（声 上田燿司）、海兵隊のエーススナイパーのサイトー（声 中國卓郎）に声をかけ、反撃に打って出る……。