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1999年7月、後にマクロスと名づけられる異星人の宇宙戦艦が地球へ落下した。
この艦よりもたらされた様々なオーバーテクノロジーの奪い合いに端を発する争いは、
やがて統合戦争と呼ばれる世界大戦に発展する。
戦争末期の2008年。
統合軍パイロットの工藤シンは、反統合同盟軍の可変戦闘機SV-51に乗機を撃墜され、
今なお伝説が生きる南海の孤島マヤン島に流れ着く。
そこで彼は島の巫女サラ・ノームとその妹マオ・ノームと出会った。
一方、落下した宇宙戦艦と同様のエイリアン反応を示す物体が
マヤン島付近の海底に沈んでいることが判明し、
統合軍と反統合同盟軍は新型可変戦闘機
VF-0フェニックスとSV-51を配備した回収部隊を派遣する。
マヤン島を舞台に戦争が始まり、
伝説に謡われた「鳥の人」が目覚めて「滅びの歌」を唄う時・・・
世界は破滅の淵を覗うことになる。