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宇宙世紀0087、一年戦争終結から7年後の世界が舞台である

ジオン公国軍に勝利した地球連邦軍は増長し、
コロニーに対し、支配と圧力を強めていた。
やがて連邦軍内部に「ジオンの残党狩り」を名目に、
スペースノイドへの強権的制裁を加えるエリート部隊
「ティターンズ」が創設された。
急速に勢力を拡大したティターンズに反発する一部の連邦軍人や
スペースノイド達は、反地球連邦組織「エゥーゴ」を結成する。
そして、その中にはかつて一年戦争でジオン公国軍のエースパイロットとして
「赤い彗星」の異名を持つシャア・アズナブルも、クワトロ・バジーナと名を変えて、
エゥーゴの一員として活動していた。
エゥーゴはティターンズの拠点であるサイド7のコロニー「グリーンオアシス」を襲撃、
コロニーの住民カミーユ・ビダンがその戦闘に巻き込まれていく。
劇中の物語はここから始まり、エゥーゴとティターンズの戦いを主軸に、
地球連邦軍、さらにジオン公国軍残党の一部が結成した
軍事組織アクシズの動きを絡めて描かれていく。