ープロローグー

20XX年　新春　東京
その超人的な能力で、幾多の敵と戦って来た
特務隊「エクス」――

彼らの活躍によって、世間を騒がせた怪奇事件はすでに過去の話となっていた
彼らの日常は、ついに戦いから解き放たれるかに思われた

――しかし、異変は突如として訪れる
天空に現れた推定全長3，000kmを超える謎の物体
「エンブリオ」

これは終末の兆しか、それとも福音なのか……
世界中が騒然とする中、事態を重く見た国連はCPOへ協力を要請

「エクス」による大規模突入作戦が行われた
勝利は目前に思えた、その時――