本作は2部構成になっており、それぞれ「バーチャスミッション」「スネークイーター作戦」と呼ばれる。
バーチャスミッション（貞淑な任務）
ソビエト連邦領ツェリノヤルスク。正式な部隊編成を賭けて特殊部隊「FOX」に与えられた初の実戦任務は、ソ連の兵器開発者ソコロフの亡命の支援だった。ソコロフが開発していた新型兵器の演習中の隙を突き、「FOX」のエージェントであるネイキッド・スネークは敵地ソ連へ史上初のHALO降下を敢行する。
スネークイーター作戦
バーチャスミッションの失敗から1週間後の8月30日。敵に連れ戻されたソコロフの奪還、彼が開発していた新型兵器「シャゴホッド」の破壊、GRUのヴォルギン大佐の抹殺、そしてソ連に亡命したザ・ボスの抹殺という任務を帯び、FOXの存続をかけて、スネークは再び敵地に降り立つ。